Chez un patient séropositif pour le VIH et présentant un définit profond de l’immunité (CD4<50/mm³) il existe plusieurs étiologies (microbiennes ou non) à une diarrhée persistante. Certaines parasitoses doivent être évoquées en priorité : cryptosporidiose, microsporidioses et isosporose. Ces parasitoses sont en effet particulièrement fréquentes chez les patients dont le taux de CD4 est <100/mm³ et peuvent être responsables d’une diarrhée chronique avec un amaigrissement important.
Bien que le patient n’ait pas séjourné en pays tropical, il faut évoquer également d’autres causes parasitaires cosmopolites dont l’amibiase et la giardiase.

Le diagnostic est fait par l’examen parasitologique des selles. Un examen « standard » comportant examen direct et concentration doit être effectué pour la recherche de tous les parasites. Il permet de mettre en évidence les oocystes d’Isopora belli, mais la recherche de Cryptosporidium et des microsporidies nécessite des techniques complémentaires. Il est donc nécessaire de bien préciser « recherche de microsporidies et de cryptosporidies » sur la prescription d’examen parasitologique des selles.
Pour la cryptosporidiose, la coloration de Ziehl-Nielsen permettra de mettre en évidence des oocystes arrondis, granuleux d’une taille de 5-8 microns.
Pour les microsporidies, il est nécessaire d’effectuer une recherche par microscopie à fluorescence en utilisant l’Uvitex 2B, ou par une coloration au trichrome. Les formes parasitaires mises en évidence sont des spores de très petites tailles (comprises entre 1 et 3 µ suivant les espèces). En cas de mise en évidence de spores de microsporidies, il est indispensable de caractériser l’espèce par PCR car elle conditionne le traitement.

En pratique, un traitement antidiarrhéïque est recommandé dans tous les cas.
En cas de cryptosporidiose, un traitement par la paromomycine ou par la nitazoxanide peut être proposé mais son efficacité reste limitée. Chez ce patient vierge de tout traitement anti-rétroviral, la mise en place d’une polythérapie antirétovirale est recommandée et devrait permettre une reconstitution immunitaire conduisant à un contrôle voire une éradication de l’infection parasitaire.
En cas d’infection par des microsporidies, l’espèce responsable va conditionner le traitement. Si l’infection est due à Enterocytozoon bieneusi, il est actuellement possible de traiter par la fumagiline, bien que ce médicament ne soit disponible qu’en autorisation temporaire d’utilisation (ATU). Ce traitement n’est pas dénué d’effets secondaires et ne peut être administré que chez les patients ayant un taux de plaquettes suffisants (> 150.000/mm³). Ce traitement est efficace mais des rechutes sont possibles chez les patients dont l’immunité reste profondément déprimée.
En cas d’infection par d’autres espèces de microsporidies, et en particulier celles du genre Encephalitozoon le traitement recommandé est l’albendazole.
Tout comme pour la cryptosporidiose, la mise en place d’un traitement antirétroviral permettant une reconstitution immunitaire est indispensable.
En cas d’infection par Isospora belli, le traitement recommandé est le cotrimoxazole et, en cas d’échec, la ciprofloxacine.