Il est nécessaire d'hospitaliser ce patient dans un secteur dit « protégé » pendant la durée de la neutropénie.
Un secteur protégé sous-entend, idéalement, l'hospitalisation du patient dans une chambre à flux laminaire ou dans une chambre à haut renouvellement d'air (avec filtration de haute efficacité dans les deux cas), une organisation architecturale du service avec un sas à l'entrée de la chambre, un sas à l'entrée du service et une cascade de pression positive entre les différents locaux. Par ailleurs, seront mis en place des procédures pour l'entrée des biens et des personnes à l'intérieur de la chambre, des procédures de sortie du flux, si celui-ci est absolument nécessaire, ainsi qu’un protocole de bionettoyage adapté.